巢湖属北亚热带温润性季风气候。控制区境的大气环流以西风环流及亚热带环流为主；此外，高空西北因西藏高原地形阻塞形成的西南低压也常进入区境。整个流域年平均气温在15—16℃之间，活动积温在4500℃以上，有200天以上的无霜期，季节分明，年气温较差在25℃以上，年降水量1000毫米等值线通过区境。总的特点是气候温和，雨量适中，季风显著，四季分明，热量条件丰富，无霜期长。

当巢湖水位在8米时，面积为755平方公里，容积为17.17亿立方米。由于水体热容量大，热量交换也较陆地多，故夏季湖体又是一个“热源”。另由于大量释放热量，从而对区域内的气候也施以影响。